В 1722 году, во время правления Петра I была открыта духовная школа. Она располагалась при Белгородском архиерейском доме, где занимались дети, принадлежащие духовному сословию. В 1787 году на основе этой школы начала функционировать семинария. Учебная программа в течение времени постоянно видоизменялась, постепенно вводились новые учебные дисциплины такие, как риторика, философия, иностранные языки, медицина, герменевтика и т.д. Первоначально данная семинария была названа Белгородской. Она стала центральным учебным заведением всей области, которая включала в себя Харьков, Белгород и Курск. В семинарии выпускали не только священнослужителей, но и готовили педагогические кадры. Здесь же была открыта библиотека, фонд которой насчитывал около 10 тысяч книг.
В 1879 году при епископе Курском Сергии учебное заведение было решено перевести в Курск. Выпускники Курской Духовной семинарии имели право продолжать свое обучение в духовных академиях Киева, Санкт-Петербурга и Москвы. В 20-е годы XX века Курская духовная семинария прекратила свою деятельность.
В 1990 году Курская духовная семинария вновь начинает свою работу благодаря помощи митрополита Курского Ювеналия (Тарасова). Ректором Курского духовного училища стал игумен Иоанн (Попов). Первоначально это духовное училище имело статус среднего духовного учебного заведения. Здесь было два отделения: пастырское, где срок обучения составлял 2 года, и регентское, где обучались в течение 3 лет.
25 декабря 1991 года Курское духовное училище получило статус Духовной Семинарии. Теперь срок обучения составил 4 года. В семинарии были открыты реставрационная мастерская и иконописное отделение.
В настоящее время в Курской семинарии занимаются воспитанники, которые приезжают из различных других епархий. В семинарии активно работает издательство, которое выпускает учебные пособия, конспекты и другую печатную работу.