Самарская Духовная семинария начала работать 9 сентября 1858 года. Ее открыли согласно решению Священного Синода при правящем епископе Феофиле. Первым ректором Семинарии был назначен архимандрит Геннадий (Левитский). За время своего существования в семинарии ректорами были: архимандрит Герман (Осетский), архимандрит Серапион (Маевский), архимандрит Владимир (Николаевский), архимандрит Вениамин (Казанский) и другие.
Многие бывшие ректоры Самарской Духовной Семинарии впоследствии стали епископами. Митрополит Петроградский и Гдовский Вениамин (Казанский) в период советской власти был жестоко убит, в сейчас его почитают как святого Русской Православной Церкви.
В 1969 году приступили к строительству нового здания для семинарии. Постройка была завершена в 1972 году. В этом же году семинарию освятили во имя святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова. С приходом советской власти Самарская Духовная семинария прекратила свою деятельность. Сейчас дореволюционной постройке семинарии находится один из корпусов Самарского Технического университета.
В 1994 году в городе Самаре по благословению Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси Алексия II и по указу правящего архиерея епископа Самарского и Сызранского Сергия было создано Самарское Епархиальное Духовное училище. Оно располагалось в трехэтажном здании, где ранее была церковно-учительская школа. Общая площадь семинарии составила 3500 м2. При училище находится церковь, построенная в честь преп. Кирилла и Марии Радонежских.
В Семинарии работает интересный епархиальный церковно-исторический музей. Библиотека Семинарии состоит из трех хранилищ, в фонде которых насчитывается около 30 000 единиц хранения. Здесь имеется богатый выбор различных книг и периодических изданий. В библиотеке есть читальный зал, рассчитанный на 80 мест, а также зал для научной работы.