Церковь Ильи Пророка была построена в центре Ярославля в 1647-1650 годах. До нее на этом месте стояли две старые деревянные церквушки. Заказчиками нового храма были братья Скрипины, поставщики соболей к царскому двору и владельцы пушных промыслов в Сибири. В храмовый комплекс в это время входили также торговые палатки Скрипиных, каменные дома священника и дьякона, деревянные избы причетников, маленькое кладбище. Окружала церковь с постройками каменная ограда с башенками.
В 1778 году, когда началось осуществление регулярного плана Ярославля, ограда и постройки вокруг церкви были снесены. Церковь Ильи Пророка стала центральным звеном административной площади, от нее в разные стороны расходились прямые улицы. Что интересно, церковь дошла до наших дней практически без изменений. В 1898-1904 годах в ней были проведены небольшие реставрационные работы, в конце 50-х годов 20 века она была снова отреставрирована.
В плане церковь Ильи Пророка представляет собой четырехстолпный пятиглавый храм. Она покрыта четырехскатной крышей, но первоначально покрытие было позакомарным. Крупные барабаны украшены лопатками и узкими высокими окнами. Основания четырех маленьких глав украшены рядом кокошников, вероятно, ряды из кокошников когда-то украшали и центральную главу. К северному и западному фасадам примыкают двухъярусные галереи с широкими арочными окнами, украшенными наличниками. Стены галерей декорированы ширинками. К галереям примыкают широкие крыльца, щедро украшенные изразцами и росписью.
В северо-западном углу храма возвышается восьмигранная четырехъярусная колокольня. Ее фасады украшены полуколонками, наличниками, рядом кокошников. Колокольню венчает высокий шатер с двумя радами слуховых окон и маленькой главкой на барабане. С северной стороны церкви находится придел Гурия, Самона и Авива, покровителей семейного очага, а под ним – часовня Печерской Богаматери, которая является усыпальницей рода Скрипиных. С южной стороны церкви расположен Покровский придел, который служил теплой церковью с трапезной, а с юго-западной – Ризоположенский.
Внутреннее убранство церкви еще более нарядное и пышное, чем внешнее. Храм был расписан в 17 веке под руководством знаменитых костромских живописцев Гурия Никитина и Силы Савина. Старинная роспись до сих пор поражает яркостью красок, жизнерадостностью, многообразием сюжетов и композиций. Наряду с библейскими сюжетами в росписях присутствует немало бытовых сцен. В церкви Ильи Пророка расположен золоченый резной иконостас с коллекцией древних икон, изразцовый фриз, богатая церковная утварь.
После революции 1917 года храм был закрыт, но уже в 1920 году в нем открылся музей. В настоящее время церковь Ильи Пророка входит в Ярославский историко-архитектурный музей-заповедник.